A gimnáziumi oktatás 1962-ben kezdődött meg Dunaharasztin, akkor még a Dunaharaszti I. Számú Általános Iskola épületében. Az új épületegyüttes átadási ünnepsége 1969. december 8-án volt, ekkor költözött mai helyére a gimnázium.
A gimnázium 1973-ban vette fel Dunaharaszti szülöttének, Baktay Ervin India-kutatónak a nevét. Az 1975/76-os tanévtől vízügyi szakközépiskolai osztály indult, az iskola neve ekkor lett Baktay Ervin Gimnázium és Vízügyi Szakközépiskola. A szakmunkások szakközépiskolája levelező tagozat 1973-ban indult és 2004-ig működött. Az 1977/78-as tanévtől a szakképzés tanműhely-épülettel bővült ki. Az 1990/91-es tanévtől 4 +1 évfolyamos rendszerben környezetvédő és vízügyi technikusképzés indult, mely képzési forma 2004-ben lezárult, azóta 4+2 évfolyammal működik, a 2008/2009-es tanévtől kezdődően kifutó rendszerben.
1996-ban az UNESCO Associated School világhálózatba felvették a gimnáziumot, és ebben az évben kapott engedélyt a Művelődési és Közoktatási Minisztériumtól az iskola épületében lévő Baktay Kortárs Képzőművészeti Múzeum megnyitására.

Az intézményen belül jelenleg az alábbi oktatási-nevelési egységek működnek:
- 1+ 4 évfolyamos gimnázium – a „nyelvi előkészítő” évfolyamon egy-egy angolos és németes csoportban nyelvi és emelt óraszámú informatikai képzés folyik, a későbbiekben ez lesz az ún. humán tagozatos osztály;
- Hat évfolyamos gimnázium – évfolyamonként egy osztállyal;
- Négy évfolyamos gimnázium – évfolyamonként egy osztállyal, 2008/2009 óta;
- Környezetvédő és vízügyi technikus képzés 4+2 évfolyammal, kifutó rendszerben;
- Négy évfolyamos esti tagozatos gimnáziumi képzés (a Sziltop Oktatási Kht. magániskolája).